Ο Ιάκωβος Δ. Μιχαηλίδης υπηρετεί ως Καθηγητής Νεότερης και Σύγχρονης Ιστορίας στο Τμήμα Ιστορίας και Αρχαιολογίας του ΑΠΘ. Την ακαδημαϊκή χρονιά 2012-2013 υπηρέτησε ως Επισκέπτης Καθηγητής στο Πανεπιστήμιου της Κύπρου. Tην ακαδημαϊκή χρονιά 2019-2020 έλαβε υποτροφία από το Ίδρυμα Fulbright και υπήρξε Επισκέπτης Ερευνητής στο George Washington University. Την ίδια χρονιά υπήρξε Ακαδημαϊκός Επισκέπτης στο Πανεπιστήμιο της Οξφόρδης. Έχει εργασθεί ως Εμπειρογνώμονας για τα Δυτικά Βαλκάνια στην Οικονομική και Κοινωνική Επιτροπή της Ευρωπαϊκής Ένωσης. Είναι προϊστάμενος του Ερευνητικού Κέντρου της Εταιρείας Μακεδονικών Σπουδών και μέλος πολλών ελληνικών και ευρωπαϊκών επιστημονικών δικτύων και οργανώσεων, όπως το ευρωπαϊκό θεματικό δίκτυο ιστορίας Clioh/Cliohnet. Ήταν ιστορικός σύμβουλος (μαζί με τον καθηγητή Θάνο Βερέμη) της τηλεοπτικής σειράς του ΣΚΑΪ «1821», του ιστορικού ντοκιμαντέρ «Twice a Stranger» που προβλήθηκε από την τηλεόραση της ΝΕΤ και του ιστορικού ντοκιμαντέρ «Η δεκαετής εξόρμηση της Ελλάδας 1912-1923» το οποίο προβλήθηκε από το Cosmote History. Έχει, επίσης, επιμεληθεί τα ιστορικά αφιερώματα του ραδιοφώνου του ΣΚΑΪ 100,3 με θέμα τους Βαλκανικούς Πολέμους, τη Μικρασιατική Εκστρατεία, τον Ελευθέριο Βενιζέλο, την Κατοχή και τον Εμφύλιο Πόλεμο.