Η Σοφία Νικολαΐδου έχει εκδώσει μυθιστορήματα, συλλογές διηγημάτων, μελέτες και μεταφράσεις. Το μυθιστόρημά της Χορεύουν οι ελέφαντες (Μεταίχμιο, 2012) μεταφράστηκε στα αγγλικά και κυκλοφορεί από τον εκδοτικό οίκο Melville House. Το μυθιστόρημά της Απόψε δεν έχουμε φίλους (Μεταίχμιο, 2010) μεταφράστηκε στα εβραϊκά και κυκλοφορεί από τον εκδοτικό οίκο Kester Books, για το βιβλίο αυτό τιμήθηκε με το Athens Prize for Literature 2010. Το βιβλίο της Καλά και σήμερα: Το χρονικό του καρκίνου στο δικό μου στήθος (Μεταίχμιο, 2015) τιμήθηκε με το Κρατικό Βραβείο Λογοτεχνίας ως έργο που προάγει τον διάλογο πάνω σε ευαίσθητα κοινωνικά θέματα. Από τις εκδόσεις Μεταίχμιο επίσης κυκλοφορεί το μυθιστόρημά της Στο τέλος νικάω εγώ (2017).
Από το 1992 ως το 2018 εργάστηκε ως φιλόλογος σε σχολείο. Από το 2019 Διδάσκει Δημιουργική Γραφή στο Τμήμα Δημοσιογραφίας και Μέσων Μαζικής Επικοινωνίας του Αριστοτελείου Πανεπιστημίου Θεσσαλονίκης.